一、大肠菌群

大肠菌群不是细菌学上分类命名，而是一组与粪便污染有关的细菌。这群细菌既有致病菌，也有非致病菌。大肠菌群包括：大肠埃希氏菌、柠檬酸杆菌、产气克雷伯氏菌、和阴沟肠杆菌等。

大肠菌群都是直接或间接地来自人和温血动物的粪便。因此大肠菌群作为粪便污染的指标菌评价样品中是否受到粪便的污染，表示了对人体健康是否具有潜在的危险性。大部分食品对大肠菌群均有限量规定，如糕点、面包（≤）10cfu/g；熟肉制品（≤）10cfu/g。食用了大肠菌群超标的食物轻则可能导致急性腹泻，重则引起食物中毒或肠道外感染。
二、酵母

酵母，一般泛指能发酵糖类的各种单细胞真菌，可用于酿造生产，也可为致病菌，更是遗传工程和细胞周期研究的模式生物。酵母菌是人类文明史中被应用得最早的微生物。啤酒酵母、面包酵母被人类用于制作食品及饮料。有些酵母菌对生物或用具是有害的，例如红酵母（Rhodotorula）会生长在浴帘等潮湿的家具上；白色假丝酵母（或称白色念珠菌）（Candida albicans）会生长在阴道衬壁等湿润的人类上皮组织。
 
三、霉菌

霉菌，是丝状真菌的俗称，意即「发霉的真菌」，它们往往能形成分枝繁茂的菌丝体，但又不像蘑菇那样产生大型的子实体。在潮湿温暖的地方，很多物品上长出一些肉眼可见的绒毛状、絮状或蛛网状的菌落，那就是霉菌。霉菌有的使食品转变为有毒物质，有的可能在食品中产生毒素，即霉菌毒素。霉菌毒素对人主要毒性表现在神经和内分泌紊乱、免疫抑制、致癌致畸、肝肾损伤、繁殖障碍等。比如我们比较熟悉的黄 qu 霉素，当人摄入量大时，可发生急性中毒，出现急性肝炎、出血性坏死、肝细胞脂肪变性和胆管增生。当微量持续摄入，可造成慢性中毒，生长障碍，引起纤维性病变，致使纤维组织增生。AFT 的致癌力也居首位，是目前已知最强致癌物之一。 如 GB 7099-2003 糕点、面包卫生标准规定，霉菌限量热加 ≤ 100cfu/g；冷加工 ≤ 150cfu/g；GB 7110-2003 饼干卫生标准霉菌限量夹心饼干和非夹心饼干都 ≤ 50cfu/g。
 
四、志贺氏菌

志贺氏菌即通称的痢疾杆菌。细菌性痢疾是最常见的肠道传染病, 夏秋两季患者最多。传染源主要为病人和带菌者，通过污染了痢疾杆菌的食物、饮水等经口感染。人类对志贺氏菌易感，10～200 个细菌可使 10～50% 志愿者致病。一般说来，志贺氏菌所致菌痢的病情较重；宋内氏菌引起的症状较轻；福氏菌介于二者之间，但排菌时间长，易转为慢性。志贺氏菌侵入肠粘膜组织并释放内毒素引起症状。潜伏期一般 10-14 h。症状为剧烈腹痛、腹泻 (水样便，可带血和粘液)、发热、里急后重显著。严重者出现痉挛和休克。
 
五、副溶血性弧菌

副溶血性弧菌是一种海洋细菌，主要来自海产品，如墨鱼、海鱼、海虾、海蟹、海蜇，以及含盐分较高的腌制食品。进食含有该菌的食物可致食物中毒，也称嗜盐菌食物中毒。临床上以急性起病、腹痛、呕吐、腹泻及水样便为主要症状。此菌对酸敏感，在普通食醋中 5 分钟即可杀死; 对热的抵抗力较弱。如 GB 29211-2013 对水产品及水产品即食调味品有副溶血性弧菌限量规定，限量 100MPN/g(mL) 。
 
六、金黄色葡萄qiu菌

金黄色葡萄qiu菌是人类的一种重要病原菌，隶属于葡萄球菌属，有「嗜肉菌」 的别称，是革兰氏阳性菌的代表，可引起许多严重感染。金黄色葡萄qiu菌在自然界中无处不在，空气、水、灰尘及人和动物的排泄物中都可找到。因此，食品受到污染的机会很多。

美国疾病控制中心报告，由金黄色葡萄qiu菌引起的感染占第二位，仅次于大肠杆菌。金黄色葡萄qiu菌是人类化脓感染中最常见的病原菌，可引起局部化脓感染，也可引起肺炎、伪膜性肠炎、心包炎等，甚至败血症、脓毒症等全身感染。而其中耐甲氧西林金黄色葡萄qiu毒性较强，其对 β-内酰胺类和头孢类抗生素均耐药，是院内和社区感染的重要病原菌之一。此外金黄色葡萄qiu菌能产生数种引起急性胃肠炎的蛋白质性肠毒素。肠毒素可耐受 100℃ 煮沸 30 分钟而不被破坏。