单核苷酸多态性（SNP)的存在和特征的方法

为了通过任何技术测量从小体积全血分离的CTC的DNA基因组中的突变，足够数 量和质量的DNA是重要的。通常，可以预期从2至4 ml全血中回收约2至10范围内的CTC。 该数目的细胞必须以优异回收率处理，以确保携带突变的染色体在处理过程中不丢失。因 此，为了分离足够质量和数量的DNA，需要特殊方法。常规方法不是有用的，因为它们改变 了 DNA基因组代表，产生质量低劣的DNA和/或导致来自此类稀有样品的量对于用于各种 分子测定法（诸如，但不限于，定量PCR(QPCR)和DNA测序）不足。
使用全基因组扩增的DNA已经证明可用于分析如此产生的临床样品中的突变的 目的。然而，遵循标准测序文库方案，使用该DNA可产生不一致和/或不准确的测序结果。 下一代序列技术或突变检测的任何方法依赖于样品材料的均质性和足够量，以 提供具有采样意义的测定。
Cynvenio生成了用于稀有细胞分离的设备。这些样品（由 Cynvenio CTC分离技术产生）的典型特征是对于每ml全血只可回收几个CTC细胞。对于 非常小的样品（其中仅提供几个细胞），对于测定测量的标准模板要求无法得到满足。我们 已经使用全基因组扩增以增加模板的量以绕开该限制。然而，全基因组扩增将错误引入样 品，这可阻止可解释的结果。
本发明涉及用于通过用至少两种不同的DNA聚合酶平行扩增部分或整个基因组 而验证基因组突变、特别是单核苷酸多态性（SNP)的存在和特征的方法。
发明背景 实体组织癌症开始在初始部位生长。随着疾病进展，转移在远端位置发生。这些转移 事件加速了疾病，最终导致死亡。细胞或细胞碎片作为转移过程的部分离开初始部位。转 移的过程是复杂的。
转移过程的部分涉及稀有循环肿瘤细胞（CTC)。这些CTC不是给定患 者体内的统一群体（monolithic population)正变得清楚。患者体内CTC的分级对于理解 负责困扰患者的癌症的突变是关键的。需要纯化和分离这些稀有肿瘤细胞（或细胞衍生事 件）来定义患者血液中的致癌突变。许多细胞和细胞碎片存在于全血中，其不含突变，因 此，为了分离有用的携带突变的细胞，需要纯化策略。