RNA 和 DNA 提取及实验中的问题

一、RNA和DNA提取：
裂解：裂解公式可能因您要提取 DNA 还是 RNA 而异，但共同点是含有高浓度离液盐的裂解缓冲液。
Chaotropes（离液剂）的作用：Chaotrope会破坏氢键及疏水间的相互作用。离液盐包括盐酸胍、硫氰酸胍、尿素和高lv酸锂。
洗涤剂：除了离液剂外，裂解缓冲液中通常还有一些去污剂，以帮助蛋白质溶解和裂解。
溶菌酶和蛋白酶K:根据样品类型，也可以使用酶进行裂解。蛋白酶 K 就是其中之一，实际上在这些变性缓冲液中效果较好；当蛋白质变性增多，蛋白酶 K 的作用也会相应增强。然而，溶菌酶在变性中不起作用，因此溶菌酶处理通常在添加变性盐之前进行。
二、RNA 和 DNA 提取实验中的问题：
1.产量低
如果您遇到的 DNA/RNA 产量低于您对样品的预期，则需要考虑许多因素。通常，这是一个裂解问题。不完全裂解是产量低的主要原因。它也可能是由不正确的绑定条件引起的。确保使用新鲜的优质乙醇（100% 200 标准）稀释缓冲液或添加到结合的步骤。劣质乙醇或旧库存可能已经吸收了水分，并且浓度不正确。如果洗涤缓冲液制备不正确，您可能正在洗掉提取的 DNA 或 RNA。
2.低纯度
如果提取的 DNA 被蛋白质污染（低 260/280），那么您可能开始时样品过多，而蛋白质没有完全去除或溶解。
如果 DNA 的 260/230 比率不佳，则问题通常是结合或洗涤缓冲液中的盐分。确保使用最高质量的乙醇来制备洗涤缓冲液，如果问题仍然存在，请再次洗涤色谱柱。
与其他样品相比，一些样品含有更多的抑制剂。环境样品特别容易出现纯度问题，因为腐殖质在提取过程中会被溶解。
腐殖质的行为与 DNA 相似，很难从硅胶柱中去除。
3.降解
降解问题是RNA制备中常常到的问题。因为在 RNA 提取过程中，样品储存不当或裂解效率低等情况都会导致降解。对于 DNA 提取，降解不是一个大问题，因为对于 PCR，DNA 可以被剪切并且工作正常，如果不希望有较多剪切的 DNA，可以使用弱裂解的方法。